O reino subaquático de Boracay possui mais de 270 espécies de corais documentadas, distribuídas em 12 pontos de mergulho mapeados que circundam as costas sul e leste da ilha.
O censo de 2024 da Philippine Reef and Marine Foundation contou 487 espécies de peixes dentro das zonas de santuário marinho protegidas da ilha, uma densidade de biodiversidade que coloca Boracay entre as zonas costeiras mais ecologicamente significativas de Visayas Ocidentais. As temperaturas da água mantêm-se estáveis entre 27 e 29 graus Celsius durante todo o ano, eliminando o choque térmico que complica o mergulho tropical em outros lugares do Sudeste Asiático.
A infraestrutura de mergulho da ilha expandiu-se rapidamente após a reabilitação ambiental de 2018-2019, que fechou a ilha ao turismo por seis meses. Quando Boracay reabriu, novos sistemas de tratamento de águas residuais e protocolos de atracação estritamente aplicados substituíram as práticas de ancoragem que haviam danificado 40 por cento da cobertura de coral costeira. O sucesso mais visível da reabilitação apareceu em Crocodile Island, um afloramento de calcário de 200 metros a dois quilômetros ao sul de White Beach, onde a cobertura de coral duro aumentou de 22 por cento em 2018 para 61 por cento em 2023. A visibilidade agora tem média de 15 a 25 metros durante a estação seca de novembro a maio, quando os ventos de monções do nordeste diminuem e as florações de plâncton diminuem.
O mergulho de descoberta (discover scuba diving) em Boracay opera sob um modelo de certificação escalonado. O programa introdutório de um dia confina os participantes a profundidades entre 6 e 12 metros, uma faixa que engloba os jardins de corais mais acessíveis da ilha e a maioria de sua fauna marinha residente. Os participantes completam uma sessão de 30 minutos em piscina ou água confinada em uma instalação à beira-mar antes de se transferirem para um local com acesso por barco. O curso SSI Basic Diver estende o currículo de águas rasas ao longo de dois dias, adicionando habilidades de navegação e refinamento de flutuabilidade. Ambos os programas empregam instrutores certificados pela PADI ou SSI que mantêm uma proporção máxima de quatro alunos para um instrutor, um padrão que supera a média regional. O mergulho com capacete, uma alternativa sem certificação, usa ar fornecido pela superfície e capacetes de latão pesados para levar os participantes por um canal de areia de seis metros povoado por peixes-sargento, peixes-papagaio e ocasionais tartarugas-de-pente. A atividade não requer habilidade de natação e acomoda convidados a partir de oito anos de idade, embora o peso de 18 quilos do capacete limite a duração da sessão a 20 minutos. Inspeções de equipamento ocorrem diariamente, e todo o ar comprimido vem de sistemas de filtragem certificados pelos padrões europeus EN 12021 para ar respirável.
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