Il regno sottomarino di Boracay custodisce oltre 270 specie di coralli documentate, distribuite in 12 siti di immersione mappati che circondano le coste meridionali e orientali dell'isola.
Il censimento del 2024 della Philippine Reef and Marine Foundation ha contato 487 specie di pesci all'interno delle zone del santuario marino protetto dell'isola, una densità di biodiversità che pone Boracay tra le zone costiere ecologicamente più significative delle Visayas occidentali. Le temperature dell'acqua rimangono stabili tra i 27 e i 29 gradi Celsius tutto l'anno, eliminando lo shock termico che complica le immersioni tropicali altrove nel Sud-est asiatico.
L'infrastruttura per le immersioni dell'isola si è espansa rapidamente dopo la riabilitazione ambientale del 2018-2019 che ha chiuso l'isola al turismo per sei mesi. Quando Boracay ha riaperto, nuovi sistemi di trattamento delle acque reflue e protocolli di ormeggio rigorosamente applicati hanno sostituito le pratiche di ancoraggio che avevano danneggiato il 40 percento della copertura corallina vicino alla costa. Il successo più visibile della riabilitazione è apparso a Crocodile Island, un affioramento calcareo di 200 metri a due chilometri a sud di White Beach, dove la copertura di corallo duro è aumentata dal 22 percento nel 2018 al 61 percento entro il 2023. La visibilità ora è in media di 15-25 metri durante la stagione secca da novembre a maggio, quando i venti monsonici di nord-est si calmano e le fioriture di plancton diminuiscono.
Il discover scuba diving a Boracay opera secondo un modello di certificazione a livelli. Il programma introduttivo di un giorno limita i partecipanti a profondità comprese tra 6 e 12 metri, un intervallo che comprende i giardini di corallo più accessibili dell'isola e la maggior parte della sua fauna marina residente. I partecipanti completano una sessione di 30 minuti in piscina o in acqua confinata presso una struttura sulla spiaggia prima di trasferirsi in un sito accessibile in barca. Il corso SSI Basic Diver estende il curriculum in acque basse su due giorni, aggiungendo abilità di navigazione e perfezionamento dell'assetto. Entrambi i programmi utilizzano istruttori certificati PADI o SSI che mantengono un rapporto massimo di quattro studenti per istruttore, uno standard che supera la media regionale. L'helmet diving (immersione con casco), un'alternativa non basata su certificazione, utilizza aria fornita dalla superficie e caschi in ottone zavorrati per far camminare i partecipanti lungo un canale di sabbia di sei metri popolato da pesci sergente maggiore, pesci pappagallo e occasionali tartarughe embricate. L'attività non richiede abilità di nuoto e accoglie ospiti a partire dagli otto anni di età, sebbene il peso del casco di 18 chilogrammi limiti la durata della sessione a 20 minuti. Le ispezioni dell'attrezzatura avvengono quotidianamente e tutta l'aria compressa proviene da sistemi di filtrazione certificati secondo gli standard europei di aria respirabile EN 12021.
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