Le monde sous-marin de Boracay abrite plus de 270 espèces de coraux documentées, réparties sur 12 sites de plongée cartographiés qui bordent les côtes sud et est de l'île.
Le recensement de 2024 de la Philippine Reef and Marine Foundation a dénombré 487 espèces de poissons dans les zones protégées du sanctuaire marin de l'île, une densité de biodiversité qui place Boracay parmi les zones côtières les plus écologiquement significatives des Visayas occidentales. La température de l'eau se maintient entre 27 et 29 degrés Celsius toute l'année, éliminant le choc thermique qui complique la plongée tropicale ailleurs en Asie du Sud-Est.
L'infrastructure de plongée de l'île s'est développée rapidement après la réhabilitation environnementale de 2018-2019 qui a fermé l'île au tourisme pendant six mois. À la réouverture de Boracay, de nouveaux systèmes de traitement des eaux usées et des protocoles d'amarrage strictement appliqués ont remplacé les pratiques d'ancrage qui avaient endommagé 40 pour cent du couvert corallien côtier. Le succès le plus visible de la réhabilitation est apparu à Crocodile Island, un affleurement calcaire de 200 mètres situé à deux kilomètres au sud de White Beach, où la couverture de corail dur est passée de 22 pour cent en 2018 à 61 pour cent en 2023. La visibilité est désormais en moyenne de 15 à 25 mètres pendant la saison sèche, de novembre à mai, lorsque les vents de mousson du nord-est se calment et que les efflorescences de plancton diminuent.
Le baptême de plongée à Boracay fonctionne selon un modèle de certification échelonné. Le programme d'initiation d'une journée limite les participants à des profondeurs comprises entre 6 et 12 mètres, une zone qui englobe les jardins de corail les plus accessibles de l'île et la majorité de sa faune marine résidente. Les participants effectuent une séance de 30 minutes en piscine ou en eau confinée dans un établissement en bord de mer avant d'être transférés vers un site accessible en bateau. Le cours SSI Basic Diver étend le programme en eau peu profonde sur deux jours, ajoutant des compétences de navigation et le perfectionnement de la flottabilité. Les deux programmes déploient des instructeurs certifiés PADI ou SSI qui maintiennent un ratio maximum de quatre étudiants pour un instructeur, une norme qui dépasse la moyenne régionale. La plongée avec casque, une alternative sans certification, utilise de l'air fourni depuis la surface et des casques en laiton lestés pour faire marcher les participants le long d'un canal de sable de six mètres peuplé de sergents-majors, de poissons-perroquets et d'occasionnelles tortues imbriquées. L'activité ne nécessite aucune capacité de nage et peut accueillir des invités dès l'âge de huit ans, bien que le poids du casque (18 kilogrammes) limite la durée de la session à 20 minutes. Les inspections du matériel ont lieu quotidiennement et tout l'air comprimé provient de systèmes de filtration certifiés selon les normes européennes EN 12021 sur l'air respirable.
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